Я сильно упрощаю и сокращаю, но суть та же. Теория - это то что наукой доказано опытным, теоретическим или иным путем.
Например есть гипотеза водной обезьяны (лютая бездоказательная но крайне забавная шняга), а есть синтетическая теория эволюции - штука доказанная и постоянно развивающаяся и дополняющаяся.