Пример с темной материей был про то, что есть вещи во вселенной, природу которых мы еще не знаем. Мы буквально не знаем - материя ли это вообще. Есть только некоторые наблюдаемые свойства систем тел, причем тех которые мы видим, на основании которых выдвигается гипотеза что есть нечто, что ведет себя как материя с такой-то массой.

Гипотетически может существовать явление, которое объяснится божественным влиянием. Хотя как по мне это маловероятно, потому что в сущности всё происходящее в мире пока успешно описывается формулами, а божественное влияние должно подчиняться воле бога, который вроде как должен быть разумен, а значит должен действовать хоть сколько-нибудь хаотично и непредсказуемо.