Зачем тебе винда на пользовательском терминале, если линукс прекрасно умеет интегрироваться с AD? Ну и пользовательские приложения на линуксе тоже можно писать с возможностью такой интеграции, было бы желание.
В итоге от того AD нужны только на винде контроллеры домена, а все остальное может быть линуксовое.