По частям конечно. Тем более сам начинку соберешь-меньше сюрпризов будет. Если в мск- то посоветую магазин Олди, там самые адекватные цены и нормальное качество.
Скорее всего дешевле будет целиком покупать (в готовых системниках обычно экономят на бп, мамке и кулерах - поэтому дешевле может выйти). Короче, для каких целей комп то? А то нихера не написал - у них если что цены варьируются от 7 до 100+ тыщ.