Да с другом сидим в АТ, делаем фанонный сюжет про последователя Красного Глаза, что собрал с окраин Эквестрии относительно стабильное протогосударство из осколков Империи КГ и начал наступление на формирующуюся НКР, а вот этот перс, похожий на комиссара - один из множества комендантов лагерей, быстро образованных в ближнем тылу, дабы увозить в глубь страны население, технику, ценности и специалистов НКР в свое пользование. Очень грубо говоря - одновременно это комендант лагеря военнопленных, управляющий оккупационным поселением и прилегающими территориями и офицер местного гарнизона.

Ответственный за эту подземку совершил сепуку по собственному желанию за две недели до потопа

Это, так сказать-промолвить, база-основа!