Скажем так, я говорил о несколько более абстрактных вещах, понятно, что некоторые совершенно конкретные вещи в винде будут работать, а в линухе - нет. Но если ты например промышленное предприятие или тебе просто необходим какой-то софт написаный на заказ лично для тебя, то выгоднее этот софт разрабатывать именно под *nix системы, с точки зрения долгосрочной перспективы, потому, что под винду тебе придется платить не то, что за апдэйты, а за переписывание системы с 0, при каждом обновлении винды.
Игры к счастью потихоньку приходят на линь, к примеру бордэрлэндс 2 уже портировали, а пресиквел сразу идет с поддержкой линя, все-ж Гэйб разрабов нормально так пнул, молодец :)
Из-за проблем с совместимостью, под никсы многие утилиты написаны в 70е и до сих пор отлично работают, написав один раз какой-либо спец софт под никс ты можешь быть уверен, что он будет работать долгие годы, под винды, через 2 года тебе придется все переписывать заново. К примеру, есть некое приложение для школ "наставник", его писали какие-то криворукие долбоящеры, но тем не менее у нас его форсят как стандарт, приложение работает исключительно под XP, никто никаких апдэйтов делать не собирается, а XP, как известно уже не поддерживается никак, единственный выход - держать виртуалку. Кстати забавный факт, wine под никсами поддерживает значительно больше устаревших вин-приложений, чем сама винда.
Держать серваки на винде, это вообще за гранью, это такой пиздец, что пиздец пиздесович, я понимаю еще можно похоливарить, на тему юзер-френдли *nix vs win для всякого офисного планктона или гэймеров, но то, что серваки должны работать на никсах - это должно быть каждому очевидно.
http://russian.joelonsoftware.com/Articles/HowMicrosoftLosttheWaronA.html
Статья отлично иллюстрирующая, почему ОС не должна быть черным ящиком, как винда.